Connaître les techniques avancées de biologie moléculaire pour une application au diagnostic microbiologique
Connaître les avantages et inconvénients de chaque technologie dans la pratique quotidienne dans les laboratoires de biologie médicale
Connaitre les différentes approches de séquençage applicable en microbiologie
Pouvoir conseiller le clinicien et l’orienter efficacement dans son diagnostic microbiologique
Expérience intiale dans un laboratoire de biologie médicale
Connaissance du contenu de la formation niveau initiation ou expérience en biologie moléculaire infectieuse avec rendu de résultats patients
ASPECT THÉORIQUE
> Place des technologies innovantes de biologie moléculaire dans le diagnostic et la caractérisation des micro-organismes
> Procédure de réalisation de méthode de biologie moléculaire :
- Nouvelles d’approches d’amplification : exemple de la PCR digitale
- Amplification génique hors PCR (LAMP, TMA, …)
- Analyse technique des résultats
> Actualité et innovation en biologie moléculaire appliqué à la microbiologie :
- Approche multiplexées et syndromiques
- Séquençage à haut débit :
. Principe – notion générale en Microbiologie
. Applications pertinentes
. Principe de production des librairies (Wet-lab)
. Principe d’analyse des séquences (Dry-lab)
. Comparaison des plateformes de séquençage
ASPECT TECHNIQUE
> Gestion des contrôles en microbiologie moléculaire
> Organisation du laboratoire :
- Flux du personnel, organisation des locaux
APPLICATIONS PRATIQUES
> Etude de cas cliniques (auto-interprétation commentée)
> Biologie moléculaire en virologie :
- SARS-CoV-2 : Etude de criblage – Recherche de mutation
> Interprétation de séquence de type Sanger Biologie moléculaire en bactériologie :
- Diagnostic moléculaire de routine (PCR « universelle » 16S)
- Typage moléculaire (Pseudomonas aeruginosa)
> Etude d’un jeu de données issus d’un séquençage haut débit (NGS)
- Exemple d’interprétation de données de microbiome bactérien
- Alternance apport théorique (vidéoprojection), étude de cas cliniques et partage d'expériences
- Interprétation de séquence
- Remise d’un support de cours papier illustré
- L’évaluation des acquis s’effectuera à partir du pré-test et du post-test complétés par le stagiaire