Biologie moléculaire infectieuse en pratique quotidienne - Niveau 2

ASPECT THÉORIQUE

> Place des technologies innovantes de biologie moléculaire dans le diagnostic et la caractérisation des micro-organismes

> Procédure de réalisation de méthode de biologie moléculaire :
- Nouvelles d’approches d’amplification : exemple de la PCR digitale
- Amplification génique hors PCR (LAMP, TMA, …)
- Analyse  technique des résultats

> Actualité et innovation en biologie moléculaire appliqué à la microbiologie :
- Approche multiplexées et syndromiques
- Séquençage à haut débit :
      . Principe – notion générale en Microbiologie
      . Applications pertinentes
      . Principe de production des librairies (Wet-lab)
      . Principe d’analyse des séquences (Dry-lab)
      . Comparaison des plateformes de séquençage

ASPECT TECHNIQUE

> Gestion des contrôles en microbiologie moléculaire

> Organisation du laboratoire :
- Flux du personnel, organisation des locaux

APPLICATIONS PRATIQUES

> Etude de cas cliniques (auto-interprétation commentée)

> Biologie moléculaire en virologie :
- SARS-CoV-2 : Etude de criblage – Recherche de mutation

> Interprétation de séquence de type Sanger Biologie moléculaire en bactériologie :
- Diagnostic moléculaire de routine (PCR « universelle » 16S)
- Typage moléculaire (Pseudomonas aeruginosa)

> Etude d’un jeu de données issus d’un séquençage haut débit (NGS)
- Exemple d’interprétation de données de microbiome bactérien